| Incubadoras Certificadas Cerne: 2020 – 2021 CERNE 3 |
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| Incubadora | UF | Cidade |
| Parque de Desenvolvimento Tecnológico (Padetec) | CE | Fortaleza |
| Incubadoras Certificadas Cerne: 2016 – 2020 CERNE 2 |
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| Incubadora | UF | Cidade |
| Incubadora de Empresa e Centro de Desenvolvimento Tecnológico e Inovação da UECE (IncubaUECE) | CE | Fortaleza |
| Centro de Empreendedorismo e Incubação da Universidade Federal de Goiás (CEI/UFG) | GO | Goiânia |
| Centro Apolo de Integração e Suporte a Novos Empreendimentos de Tecnologia de Informação e Comunicação – CAIS do Porto | PE | Recife |
| Incubadora Santos Dumont | PR | Foz do Iguaçu |
| Incubadora Tecnológica de Curitiba (INTEC) | PR | Curitiba |
| Instituto Gênesis PUC – Rio | RJ | Rio de Janeiro |
| Incubadora Tecnológica Natal Central – ITNC/IFRN | RN | Natal |
| Incubadora Tecnológica e do Agronegócio de Mossoró (Iagram) | RN | Mossoró |
| Instituto Empresarial de Incubação e Inovação Tecnológica (Ieitec) | RS | Canoas |
| Incubadora Multisetorial de Base Tecnológica da PUC/RS (Raiar) | RS | Porto Alegre |
| Centro de Empreendimentos em Informática da UFRGS | RS | Porto Alegre |
| Unidade de Inovação e Tecnologia da Unisinos (Unitec) | RS | São Leopoldo |
| Incubadora Midi Tecnológico | SC | Florianópolis |
| Centro Empresarial para Laboração de Tecnologias Avançadas (Celta) | SC | Florianópolis |
| Instituto Gene Blumenau | SC | Blumenau |
| Tec Campos Incubadora de Base Tecnológica | RJ | Campo dos Goyatacazes |
| Incubadora Tecnológica de Empreendimentos Criativos e Inovadores de Campina Grande (ITCG) | PB | Campina Grande |
| Centro Incubador Tecnológico – Fundetec | PR | Cascavél |
| Incubadoras Certificadas Cerne: 2016 – 2020 CERNE 1 |
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| Incubadora | UF | Cidade |
| Instituto Empresarial de Incubação e Inovação Tecnológica (Ieitec) | RS | Canoas |
| Incubadora Midi Tecnológico | SC | Florianópolis |
| Incubadora Tecnológica Natal Central – ITNC/IFRN | RN | Natal |
| Centro de Empreendedorismo e Incubação da Universidade Federal de Goiás (CEI/UFG) | GO | Goiânia |
| Centro Incubador Tecnológico – Fundetec | PR | Cascável |
| Centro Empresarial para Laboração de Tecnologias Avançadas (Celta) | SC | Florianópolis |
| Incubadora Multisetorial de Base Tecnológica da PUC/RS (Raiar) | RS | Porto Alegre |
| Centro Apolo de Integração e Suporte a Novos Empreendimentos de Tecnologia de Informação e Comunicação – CAIS do Porto | PE | Recife |
| Instituto Gene Blumenau | SC | Blumenau |
| Centro de Empreendimentos em Informática da UFRGS | RS | Porto Alegre |
| Unidade de Inovação e Tecnologia da Unisinos (Unitec) | RS | São Leopoldo |
| Parque de Desenvolvimento Tecnológico (Padetec) | CE | Fortaleza |
| Incubadora Tecnológica e do Agronegócio de Mossoró (Iagram) | RN | Mossoró |
| Incubadora Santos Dumont | PR | Foz do Iguaçu |
| Instituto Gênesis PUC – Rio | RJ | Rio de Janeiro |
| Incubadora Tecnológica de São Bento do Sul (ITFETEP) | RS | São Bento do Sul |
| Incubadora de Base Tecnológica (InovaParq) | SC | Joinville |
| Incubadora Tecnológica da Unochapecó (Intech) | SC | Chapecó |
| Incubadora de Empresas de Inovação Tecnológica (Criatec) | RS | Injui |
| Inova Metrópole | RN | Natal |
| Tec Campos Incubadora de Base Tecnologica de Campos dos Goytacazes | RJ | Rio de Janeiro |
| Incubadora Tecnológica da Univates (Inovates) | RS | Lajeado |
| Incubadora da Associação para o Desenvolvimento Tecnológico do Sudoeste do Paraná (Sudotec) | PR | Dois Vizinhos |
| Incubadora de Inovações Tecnológicas da UTFPR – Campus Cornélio Procópio | PR | Curitiba |
| Incubadora de Inovações Tecnológicas da UTFPR – Campus Ponta Grossa | PR | Ponta Grossa |
| Incubadora de Inovações Tecnológicas da UTFPR – Campus Pato Branco | PR | Pato Branco |
| Incubadora de Empresas – Idea | MT | Rondonópolis |
| Incubadora Tecnológica de Caxias do Sul ITEC/UCS | RS | Caxias do Sul |
| Incubadora Tecnológica de Curitiba (INTEC/TECPAR) | PR | Curitiba |
| Incubadora de Inovação Tecnológicas da UTFPR – Campus Curitiba | PR | Curitiba |
| Incubadora de Inovações Tecnológicas da UTFPR – Campus Medianeira | PR | Medianeira |
| Incubadora Tecnológica Ulbratech de Canoas | RS | Canoas |
| UniINCUBADORA | GO | Anápolis |
| Incubadora Tecnológica de Empreendimentos Criativos e Inovadores de Campina Grande (ITCG) | PB | Campina Grande |
| Incubadora Tecnológica – SETREM | RS | Três de Maio |
| Incubadora Tecnológica da Feevale | RS | Novo Hamburgo |
| Núcleo de Inovação Tecnológica da UNIVALI (UNIINOVA) | SC | Itajaí |
| Incubadora Tecnológica de Mossoró (ITMO) | RN | Mossoró |
| Fundaçã Educere de Campo Mourão (EDUCERE) | PR | Campo Mourão |
| Pantanal Incubadora Mista de Empresas (PIME/UFMS) | MS | Campo Grande |
| Incubadora Municipal Norman Edward Hanson | MS | Campo Grande |
| Incubadora de Empresas (INTERP) | MS | Campo Grande |
| Incubadora Tecnológica de Guarapuava (INTEG) | PR | Guarapuava |
| Incubadora de Base Tecnológica do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) | RJ | Petrópolis |
| Centro de Incubação Tecnológica do Semiárido (CITECS) | RN | Mossoró |
| Aceleradora Sistema FIEP | PR | Curitiba |
| Incubadora Municipal Bernardino Zelindo Barbieri | PR | Palotina |
| Incubadora GTEC UNIDAVI – Incubadoras de Empresas | SC | Rio do Sul |
| Instituto de Apoio à Inovação, Incubação e Tecnologia (INAITEC) | SC | Pedra Branca |
| Incubadora Tecnológica de Maringá | PR | Maringá |
| Incubadora Ulbratech Manaus | AM | Manaus |
| Incubadora de Agronegócios das Cooperativas, Organizações Comunitárias, Associações e Assentamentos Rurais do Semiárido da Paraíba (IACOC) | PB | Campina Grande |
| Incubadora de Empresa e Centro de Desenvolvimento Tecnológico e Inovação da UECE (IncubaUECE) | CE | Fortaleza |
| Incubadora de Empreendimentos inovadores e tecnológicos (FINDEX) | PR | Francisco Beltrão |
| Incubadora de Empresas do Centro Tecnológico de Desenvolvimento Regional de Viçosa CENTEV | MG | Viçosa |
| Incubadora de Empresas de Base Tecnológica da Unicamp – INCAMP | SP | Campinas |
| Incubadora de Empresas Pulsar/UFSM | RS | Santa Maria |