O modelo Cerne está estruturado em três níveis de abrangência:

1. Empreendimento:  inclui os sistemas relacionados diretamente com a operacionalização do empreendimento, tendo como foco os sistemas que possibilitam às empresas apoiadas desenvolverem seus produtos e serviços, acessarem capital e mercado, realizarem a gestão do negócio e promoverem o desenvolvimento pessoal dos empreendedores.

2. Processo: tem como foco os sistemas de prospecção, geração, desenvolvimento e graduação de empreendimentos inovadores, ou seja, sistemas que viabilizam a transformação de ideias em negócios.

3. Incubadora: a gestão da incubadora como um empreendimento é o principal foco desse nível, com destaque para sistemas referentes a finanças, pessoas e ao relacionamento da incubadora com o entorno.